世は神界、三界（仙界、妖界、幽冥界）、人間界からなっていた。20数回目の歴劫修行のため幽冥界から人間界へ向かう阿音の目に、愛する女仙の仙元を捜し求める古晋の姿が映る。時は遡り1000年前、仙界では天帝･鳳淵の主催で新たな火鳳･鳳隠の降誕を祝う宴が開かれ、東華上君の弟子･古晋や妖界の孔雀族、孤族たちが梧桐島に集っていた。それを知った魔族の幻影は、青霖の命令を受けて火鳳が持つ火凰玉を奪うため梧桐島に潜入する。

　鳳隠の仙元が散ったことを知った東華は鎮魂塔で鳳隠の肉体を保つことにした。古晋は問文石に祈り、自分に降りかかる災いと引き換えに鳳隠が帰還する機会を得る。鳳淵と東華は古晋を大澤山の禁谷で謹慎させることにした。ある日、古晋は禁谷で水凝獣の卵を発見。古晋は卵をふ化させ、阿音と名づける。阿音は人型に変化し、東華は古晋の災いが阿音であることに気づく。東華は仕方なく２人に主従契約を結ばせ、阿音を古晋の仙僕にした。

　大澤山に戻った古晋と阿音は尊師から、鳳隠は復活しておらず仙元が戻る気配もないと聞く。尊師は二人に「修練を積み三界に散らばる鳳隠の仙元を全て集めたら主従契約は解く」と約束し、二人は協力して修練と仙元捜しを始める。仙元の一つは大澤山にあるはずだと聞いた二人は禁谷に行き、阿音はその隙に妹･阿羽の卵を取り戻しに行くが、転んだ卵を追ううちに神界の剣塚に入り込む。そこでは古晋の母神が落とした剣の霊が古晋を待っていた。

　華姝から「鷹族に対抗するために遮天傘を借りたい」と懇願される古晋だったが、阿音がそれを拒む。古晋と阿音は狐王･鴻若を訪ね、鳳隠の仙元を捜すために静幽谷へ入る許可を得ようとするが交換条件を出される。それは、紫月山で失踪した鴻奕を連れ戻すことだった。紫月山に向かう途中、二人は碧血霊芝をめぐって争う華姝と鷹族･宴爽に出くわし、華姝を心配した古晋は遮天傘を貸してしまう。“特別な方法”で紫月山に入ると豪語する古晋だったが……。

　九淵熬獄に入った古晋と阿音は無事に仙元を採取し、梧桐のそばで弱っていた狐の鴻奕も助けるが、火凰玉に気付いた青霖に攻撃される。遮天傘がないため二人は鏡花水月の術で応戦するも、息が合わずうまくいかない。鴻奕の力で何とか結界の外へ逃げ出したものの、黙って華姝に遮天傘を貸した古晋に阿音は怒る。魔気にやられて倒れた古晋や鴻奕を阿音は内丹を焼く治療術で治そうとするが、己を犠牲にする術を使ったことに古晋は怒り、二人は険悪になる。

　帰墟山を守る晨敏への贈り物を手に入れるため、古晋と阿音は妖市にある賭場に向かい、鴻奕と再会する。古晋は阿音のことで鴻奕と険悪な雰囲気になりながらも、何とか目的の家紋を手に入れる。しかし、華姝が捜していた碧血霊芝が賭場に登場すると事態が一変。またもや鷹族･宴爽が現れ碧血霊芝の奪い合いとなるが、鴻奕が術を使って宴爽を惑わし収束させる。一方、魔族･青霖は火凰玉を奪って三界を滅ぼす計画を着々と進めていた。

　古晋と阿音は帰墟山で無事に仙元を入手する。だが突然、鴻奕が姿を現し、晨敏の母に殺された両親の恨みを晴らすため、晨敏公主を攻撃する。そこで古晋は贈り物を渡して晨敏をなだめ、事なきを得る。帰墟山を去ろうとする彼らの前に、封印を破った魔族が現れ、激しい戦いを繰り広げる。一方、鴻若は甥の鴻奕を連れ戻そうとするが、激しい拒絶を示される。鴻若は鴻奕が弑神花に侵されていることを知り、自分の妖力を使って鴻奕を守ろうとする。

　昇格のための雷劫を控えて谷に籠もり修練する予定だった古晋は、大澤山で開かれる試練競技会の優勝賞品が年に一つしか採取できない貴重な陰火陽冰と知る。毎日の阿玖の治療で阿音が霊力を消耗することを心配していた古晋は、陰火陽冰さえ手に入れば阿音を守れると考え、賞品を獲得しようと競技会への出場を急遽決める。古晋は競技会で雷鳥の紫電を採取すべく他の出場者たちと競い、見事雷鳥を捕まえるが、奇しくもその矢先に雷劫に遭遇する。

　無事に昇格した古晋は、七夕の夜に華姝を誘ったものの、彼女は当日瀾灃帝君と会っていた。それを目撃した阿音は華姝を問い詰めるものの反撃されてしまう。阿音は少しずつ古晋への好意を自覚し始める。しかし一方、閑善は古晋と阿音が結ばれることこそが凶星であることを認識しており、古晋に縁談を持ち掛ける。相手は華姝であった。言われるまま結納を持って孔雀王に会う古晋だが、ついに求婚の話は持ち出さず、代わりに遮天傘の返却を求める。

　宴爽から華黙や華姝の嘘を聞かされ激怒した阿音は、華黙の祝宴に参加している古晋に真実を知らせるべく百鳥島へ向かう。その頃、古晋は瀾灃と華姝の密会現場を目撃し、二人が恋仲であること、そして華姝が遮天傘を自分の神器に変えてしまったことを知り、騙されていたことに失望する。祝宴が始まり、古晋は孔雀族と鷹族の争いに二度と介入しないことを宣言し、半神器の返還を求める。一方、同席していた瀾灃は華姝への求婚の意を宣言する。

　幽冥界に入った古晋たちは、楼主である修言に幽冥王に接見するための令牌を得る条件として、人間界から三生石を見つけ出すことを示される。古晋と阿音は蛟妖の陣の中に幽閉されている三生石を入手しようと陣に侵入するが、蛟妖は阿音の内丹を奪い取る。阿音を救おうとする古晋は、主従契約が反応しないことに気付く。一方、巨大な陰謀をたくらむ青霖は、鴻若の体を奪うことに成功する。同時に火凰玉を守る大澤山の仙脈には、異変が起きていた。

　凝雲山を探しに行くと言う阿音と鴻奕を引き止めるうちに古晋は三生石を落として見失ってしまう。街中を必死に捜し回る古晋たちがふと見ると、そこには化身した三生石が立っていた。縁結びの月下老人になるため修業中だと言う三生石は、鴻奕と宴爽、古晋と阿音にそれぞれ恋縁果を与え、疑似恋愛をして果実を育てるよう命じる。そのころ大澤山では、古晋と阿音の主従契約が切れて阿音が古晋の劫と化したことに激怒した紅綢が阿音を殺すと言いだす。

　人間界の女性との関係が露見した閑竹は、雷刑を受け仙元が離脱してしまう。結果、幽冥界に迷い込み、王の逆鱗に触れる。閑竹を取り戻そうと古晋たちは幽冥界へ赴くが、王である傲歌から阿音の内丹と交換するなら閑竹を戻してもよいと持ち掛けられる。古晋は拒否するが、三生石の手助けも功を奏し、無事に閑竹を大澤山に連れ帰ることに成功する。一方深まる古晋と阿音の仲に焦る紅綢は阿音を亡き者にしようと算段するが、閑善は別の方法を提案する。

　古晋は紅綢の手によって阿音との愛の記憶を消されてしまう。一方、何も知らずに婚姻契約の準備をしていた阿音だったが、記憶を失った古晋から拒絶され、さらに古晋が真神の血を引く者であることを知り落ち込む。閑善は古晋と阿音を穏便に遠ざけるため、古晋を天宮の任務に就かせ、阿音を凝雲山に向かわせる。凝雲山の所有権を得るためには天宮で昇格することが必要だと知った阿音は、凝雲山と古晋を取り戻すため、天宮へ行くことを決意する。

　阿音は天宮にて、司兵殿の兵器を洗塵する職を得ることに成功する。そこで殿主に任命された宴爽と力を合わせ、司兵殿に平和をもたらす。阿音は思い悩んだ末、戦神殿にいる古晋を訪ね、二人の愛を取り戻す決心をしたことを告げる。一方、鴻奕も亡き父の武器・寂滅輪を取り戻すため、天宮入りを果たす。そのころ妖界では、狐族の長老が何者かに殺害される事件が起きる。鴻奕はその武器が天宮の秘府に封印されている寂滅輪ではないかと疑い始める。

　古晋との関係を諦められない阿音は、司兵殿で働きながら、古晋の様子を伺っていた。しかしそれを見咎めた紅綢に厳しくたしなめられる。一方、華姝の兄華衍は渡劫合格のために司兵殿の玄武盾を盗もうとして阿音らに阻止される。後日罰せられ、華衍自身の縁談も白紙になってしまう。焦った父王の華黙は華姝を瀾灃ではなく別の有力仙門に嫁ぐよう促す。不服な華姝は、偶然にも古晋が実は真神だという事実を知り、再び古晋に接近しようと算段する。

　三界の友好を願って開く霊交大会を控えた仙界では、妖界に返す聖物を保管するための護霊箭を用意することになり、古晋の戦神殿と阿音の司兵殿が協力して製作を進める。古晋をものにしたい華姝は紅綢に取り入り、古晋と阿音を引き裂きたい紅綢はこれ幸いと華姝を戦神殿に連れて来て古晋と二人きりにする。古晋は華姝を冷たくあしらうが、二人が接近した瞬間を目撃した阿音は落ち込む。そのころ百鳥島では華黙が鴻若（青霖）と魔の契約を結んでいた。

　古晋の恋情は大澤山の忘念笛で封印された可能性が高く、師兄たちが封印に関与している疑いがあると知り、阿音は落ち込む。一方、孔雀王･華黙は、阿音が手がけた護霊箭を偽物とすり替えることを画策し、華姝や鳳鳴の手引きにより護霊箭は見事に偽物にすり替えられてしまう。三界が一堂に会する霊交大会当日、偽の護霊箭が妖族の聖物を破壊。親睦を図るはずだった仙妖両界は一触即発の事態を迎え、阿音に首謀者の嫌疑がかかってしまう。

　阿音は妖族の聖物を破壊した濡れ衣を着せられるが、古晋たちの助けにより、身の潔白が証明される。だが天宮は、裏で手を引いているのは鴻若（青霖）だと知る由もなかった。そんな折、ようやく古晋の恋情が見つかり、古晋は阿音への愛を全て思い出す。恋情を抜き取ったのは紅綢だと気付いた古晋は紅綢を呼び出し、激しく責める。だが紅綢は、古晋と大澤山との運命に関する真実を告げる。古晋は悩んだ末、阿音への愛を断念しようと決意する。

　五尊に選ばれず憤慨した華姝は瀾灃のもとに乗り込むが、自分の罪を背負い天罰を受ける瀾灃を見つけ、その真剣な想いに心打たれる。鳳鳴は灼影から最後の仕事として大澤山から閑善たちを追い払うよう言われ、鎮魂塔に細工をして鳳隠の肉体を弱らせ、古晋たちに「鳳隠か仙君の仙元二つがないと鳳隠は永遠に消える」と告げる。古晋は自分の仙元を献じると言い、それを知った阿音は幽冥王･敖歌に自分の霊力を鳳隠の仙元と交換するよう頼みに行く。

　自分の内丹を鳳隠の仙元と交換した阿音は昏倒してしまう。古晋は碧波を訪ね、水凝獣の延命法を教えてもらうが、それは煉丹術によって化身丹を作ることだった。しかし材料として炙魂草と玄池神露、飛獣の内丹を必要としていた。炙魂草を取りに狐族の所に戻った鴻奕は、叔母から絶縁されてしまうものの、やがて材料をそろえた古晋は煉丹作りのため日々山に籠る。一方、瀾灃との結婚を決心した華姝であるが、婚儀の日、思わぬ事件が発生する。

　華姝たちは瀾灃を殺した九尾狐を捕らえるべく大澤山に迫り、前狐王の子･鴻奕が大澤山にいたことが公になってしまう。鴻奕に瀾灃殺しの容疑がかかるが、古晋と阿音、閑善の釈明により事なきを得る。しかし、鴻奕の昇格を利用した青霖の恐るべき策略が、大澤山を山門始まって以来の窮地に追い込む。一方、阿音を延命するためにやっと完成させた化身丹が砕けてしまった理由が分からず、碧波を問い詰めに行った古晋にさらなる試練が襲いかかる。

　死をもいとわぬ覚悟で九淵熬獄に入った古晋は、化身丹の最後の材料である九淵魔髄を手に入れることに成功する。化身丹の効果によって阿音は生気を取り戻し、喜びに涙する二人だったが、大澤山に恐ろしい悲劇が起きたことを知る。変わり果てた大澤山を目の当たりにし、愕然とする古晋と阿音。その時、古晋の体に異変が起きはじめる。一方、青霖の策略により、瀾灃の殺害と虐殺の罪を着せられた鴻奕は、極刑を言い渡され、監禁されてしまう。

　阿音は林墨を通して大澤山･閑善の最後の伝言を受け取る。全てが魔族の策略だったと知った阿音は鴻奕を逃がすが、そのことで責められ軟禁されてしまう。一方、大澤山の崩壊と共に真神「元啓」として覚醒した古晋は、その立場から板挟みになり苦悩する。逃亡を果たした鴻奕は、狐族のもとに戻り十尾天狐として降誕する。そして、仙妖両族の離間は決定的なものとなってしまう。これを喜ぶ青霖は、さらに三界を混乱に陥れようと算段していた。

　元啓神君となった古晋から軟禁を命じられた阿音のもとに華姝が突如現れる。華姝は神君の指示により刑を執行すると告げて阿音を連行し、天刑官の反対をよそに残酷な刑を下す。妖皇を殺されたうえ阿音が華姝に処刑されると知った鴻奕は憤り、仙族に復讐しようと妖族の兵を引き連れ羅刹地に向かう。青霖に火凰玉を奪われて囚われの身となっていた元啓は神力を消耗しながらも魔族を倒して脱出し、羅刹地へと駆けつけると仙妖の戦が始まっていた。

　元啓は阿音の魂印を感じて幽冥界を訪れるが、敖歌によって鐘霊宮の関門に投げ込まれてしまう。間一髪のところを修言に助けられた元啓だったが、結局修言からも見放されてしまう。一方、鴻若の体が青霖に乗っ取られていたと気付いた鴻奕は、林墨と共に鴻若を取り戻しに行く。青霖と相まみえた鴻奕と林墨に元啓も加勢し、青霖を見事に成敗したが、同時に魔族に紫月を持ち去られてしまう。そんな中、阿音は最後の歴劫に旅立とうとしていた。

　元啓と鴻奕は幽冥界で、最後の歴劫へ旅立とうとしていた阿音との再会を果たす。だが阿音は二人のことを覚えておらず、魂力が衰弱した状態のまま渡劫池へと身を投げてしまう。今度こそ本当に阿音を失ったことを知った元啓は悲しみに暮れるが、ようやく化身した阿羽に慰められ、真相解明の鍵となる混元雲珠を錬成しようと決意する。一方、華姝は仙界での権力を手にするため、天帝の座を狙っていた。そんな折、梧桐島では鳳隠がついに復活を果たす。

　かつての阿音だと悟られぬよう自分に術をかけた鳳隠は、新たな立場で過去を解き明かそうと考える。元啓の伴侶として火鳳降誕を待ち望んでいた紅綢は早速結納品を携えて梧桐島に行き、鳳隠が疎ましい鳳鳴は勝手に求婚を受け入れる。元啓が鳳隠と婚約したと知り激怒した鴻奕から初めて事実を聞いた元啓は婚約を破棄しようと鳳淵を訪ねるが、償いとして鳳隠の雑役をせよと命じられ、阿音の頃の苦しみから抜け出せない鳳隠は元啓につらく当たる。

　元啓と鳳隠の婚約は白紙に戻ったが、鳳鳴は諦めず、自身の出世のために動くものの、阿羽を襲ったことで馬脚を現し、天牢に捕らえられてしまう。鳳隠は鳳淵の説得もあり、ついに正式な鳳皇に即位するが、一方、梧帰や伏塵との再会、阿羽と出会う過程で、過去とまだ決別できていない自分に気付き、伏塵に自分が「阿音」であることを告げる。そして、大澤山崩壊に関係した一連の事件の真相を探る決心をして、再び幽冥界の修言のもとへも足を運ぶ。

　梧桐島の恩人は華姝ではなく鳳隠だったと知り、元啓は華姝に激怒する。鳳隠が自分の正体は阿音だと元啓に打ち明けると、元啓は鳳隠と話すために梧桐島で何日も立ち尽くし、ついに倒れてしまう。その頃、宴爽や鴻奕と再会し喜びを分かち合う鳳隠だったが、書物の記録にはない千年前の内情を聞き、改めて真相解明を心に誓う。一方、次期天帝の座を譲りたくない華姝は、元啓との仲たがいを外部に知られ不利に働かぬよう躍起になっていた。

　鳳隠は元啓の誕辰宴の席上で、1000年前の一連の事件の真相を暴くことを決意し、手始めに鴻奕と御風を呼び出し、妖皇殺害事件のてん末を聴取する。ついに混元雲珠の錬成に成功した元啓は、真相解明に役立てるよう鳳隠に手渡す。一方、天帝の座を狙う華姝は、父王・華黙が魔を修得していたことを知り、愕然とする。だが、全ての行為は娘のためであり、瀾灃を復活させるためだと諭され、不問に付す。元啓の誕辰宴に姿を現した鳳隠は、華姝を圧倒する。

　誕辰宴の会場に鳳皇として現れた鳳隠に対し、自分は天帝代理だから今後も敬礼はしないと言い放つ華姝。だが鳳隠から冷静沈着に指摘され、元啓にも責められて華姝は大勢の前で跪き面目を失う。元啓の伴侶の座を狙っていた華姝だったが、思惑に反して元啓の運命の相手は鳳隠だと出席者たちに見なされ、計画は完全に失敗する。皆の前で1000年前の魔の陰謀を暴くと宣言した元啓と鳳隠に、鴻奕や青衣たちも加勢し、元啓は混元雲珠を取り出す。

　魔族の内通者は不明なままだった。仙妖の半神同士の成婚時に「神光」が天より降り注ぎ、それを通して魔をあぶり出すことが可能なことを知った鴻奕と鳳隠の二人は、偽装とはいえ結婚することになった。一方、宴爽や元啓は心穏やかではない。式当日、参列のため向かう鷹族･宴爽たちを魔族が襲う。そこを通りががった鴻奕に助けられる宴爽であったが、素直になることができずにいた。一方元啓は式に遅れた鴻奕の代わりに式場に姿を現す。

　鳳隠の花婿の座を元啓に奪われ唖然とする鴻奕だったが、それよりも宴爽が気がかりで仕方なく、宴爽の元へ赴く。すると、すでに新鷹王の即位式が始まっており、何の知らせも受けていない鴻奕は憤る。一方、鳳隠と元啓は偽りの夫婦を続けつつ、黒幕である華黙に着々と迫りつつあった。二人は紫月が玄池仙境に隠されていると突き止め、紫月を取り戻すために必要な法器を借りに鴻奕を訪ねるが、元啓と鴻奕は花嫁略奪の件で言い争いとなる。

　元啓が鳳隠に婿入りしたことを知った紅綢は、鳳儀宮に乗り込み、鳳隠に難癖を付けようとする。そこで鳳隠は、かつて自分を殺害しようとした紅綢に対し、自分が阿音であることを打ち明け、紅綢を激しく責める。ついに玄池仙府で紫月を発見した元啓と鳳隠は、九淵熬獄の結界が危ういことに気付く。元啓によって禁足を命じられた紅綢だったが、この1000年間に元啓が受けてきた苦しみと阿音への深い愛を伝えようと、鳳隠の元を訪れるのだった。

　阿音が鳳隠として復活したことに憤る華姝は華黙から、瀾灃を生き返らせるためには阿羽の内丹を奪い、鳳隠たちに勝つためにも魔神に助けを請うよう煽られ、ついに魔に落ちる。鳳隠は宴爽の婚約を知って傷心した鴻奕を元啓と共に慰めるが、鴻奕は仲睦まじい二人に当てつけられる。元啓と鳳隠は紫月に通ずる道が人間界にあると知り探しに行くと、道は結界で隠され、しかもその結界の前では魔に落ち正気を失った三界の者たちが次々と自爆していた。

　ついに華黙を捕らえた元啓だが、魔道に落ちた華姝は見つけられないでいた。一方、鴻奕は宴爽への気持ちに気付いたものの拒絶されたままだった。修言は敖歌に別れを告げ、元啓らを助けるために冥起と対峙し続けるが、限界が近づいていた。そうしたある日、青衣は閑善と瓜二つの仙君に出会う。大澤山やその仲間たちの仙元復活のために、自らの神元を犠牲にしてきた元啓の真意にやっと気づいた鳳隠は、元啓の体が極限まで弱っていることを知らされる。

　元啓を救うための方法を探す鳳隠だったが、そのためには己の鳳丹を生け贄にする必要があると知らされる。お互いを想う故に衝突する元啓と鳳隠だったが、自責の念に駆られた紅綢から思わぬ策を授けられ、その策を講じるために、鳳隠は思わぬ行動に出る。一方、宴爽に十尾を与えた鴻奕に反発した妖族が徒党を組んで鴻奕に襲いかかるが、間一髪のところで宴爽が助けに入る。鴻奕の真剣な想いを告げられた宴爽は、ついにそれを受け入れる。

　天帝選抜の日、鳳隠を含む４人が天帝の御璽を手にするため九宮塔に入る。鳳隠は３人のうちのいずれかが華姝であると察知していた。ついに天帝の御璽を手にしようとする瞬間、鳳隠は華姝に襲われる。御璽を奪った華姝は父・華黙に促され、妖族から盗んだ聚妖幡を使って九淵より魔軍を呼び込み、父の悲願を達成しようする。だが元啓や鳳隠から瀾灃殺害の黒幕が華黙であるという事実や父に騙され続けたことを知らされ、激しく動揺する。

　鳳隠たちは三界陣法で冥起に抗おうとするが捕らわれて身動きが取れない。鳳隠たちの苦しむ姿に、元啓は己の混沌の本源を捧げ全てを終わらせると決心する。混沌の本源を失った元啓は鳳隠の腕の中で力尽き、鳳隠は鳳淵や碧波に救ってほしいと必死で頼むが、神格を失った元啓は復活できないと言われ悲嘆に暮れる。100年後、元啓に代わって三界を守ると誓った鳳隠のもとに内丹が復活した修言が現れ、鳳隠を冥起のもとに連れていく。